Само застоялата вода благоприятства разпространението на бактерии.
Водата тече ежедневно през омекотителя, така че не съществува риск от развитие на бактерии.
В случай, че не се използва вода у дома за по-дълъг период от време, например по време на отпуск, специална функция може да бъде активирана в устройството, при която омекотителят се регенерира на всеки няколко дни, за да се предотврати развитието на бактерии. Омекотяването на водата предотвратява растежа на опасни бактерии като Legionella, които се